Вставлять между <head> и </head>
Code
<?if($USER_ID$=0)?>
<script type="text/javascript">
if (confirm("Вы не зарегистрированы, пожалуйста зарегистрируйтесь или войдите под своим логином.\n\Для регистрации нажмите ОК.")){window.location = "$REGISTER_LINK$";} // by master
</script>
<?endif?>